Ao investigar uma transmissão misteriosa no planeta ZDR, Samus enfrenta um inimigo misterioso que a aprisiona neste mundo perigoso. O planeta remoto foi invadido por cruéis formas de vida alienígenas e robôs assassinos chamados E.M.M.I. Cace ou seja caçado enquanto abre caminho através de um labirinto de inimigos na aventura de deslocamento lateral mais intensa de Samus.